O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão, órgão técnico especializado em assuntos de ensino, pesquisa e extensão, é constituído pelo Diretor-Geral, seu Presidente, pelo Vice-Diretor-Geral, pelo Coordenador Acadêmico, pelo Coordenador Administrativo, pelo Coordenador Pedagógico, pelos Coordenadores dos Cursos, por um representante do corpo docente, por um representante do corpo discente e por um representante do pessoal técnico-administrativo.

O CONSEP reúne-se, ordinariamente, duas vezes por semestre e, extraordinariamente, quando convocado pelo Diretor-Geral ou a requerimento de dois terços dos seus membros, competindo-lhe fixar normas complementares ao Regimento da IES no que se refere a ensino, pesquisa e extensão; organizar o calendário acadêmico; disciplinar a realização do processo seletivo para acesso aos cursos de graduação; elaborar o currículo pleno de cada curso de graduação e seqüencial, bem como suas modificações, submetendo-os à aprovação do Conselho Superior; deliberar sobre os pedidos de transferências e de aproveitamento de estudos, ouvidos os Colegiados dos Cursos; aprovar as normas de funcionamento dos estágios curriculares, dos trabalhos de conclusão de curso e das atividades complementares; submeter à apreciação do Conselho Superior os acordos e/ou convênios a serem firmados com entidades nacionais e estrangeiras que envolvam o interesse da UNESC; autorizar a criação de cursos de graduação, seqüenciais e de pós-graduação lato e stricto sensu, os quais somente entrarão em funcionamento após a aprovação dos órgãos do sistema federal de educação, nos termos da legislação pertinente; sugerir medidas que visem ao aperfeiçoamento e desenvolvimento das atividades da UNESC, bem como opinar sobre assuntos pertinentes que lhe sejam submetidos pelo Diretor-Geral; exercer as demais atribuições que lhe sejam previstas em Lei e no Regimento.