O Conselho Superior, órgão superior normativo e de deliberação da UNESC, é constituído pelo Diretor-Geral, seu Presidente, pelo Vice-Diretor-Geral, pelo Coordenador Acadêmico, pelo Coordenador Administrativo, pelo Coordenador Pedagógico, por dois Coordenadores de Curso, por dois representantes do corpo docente, por um representante do corpo discente, por um representante da AEC e por dois representantes da comunidade.

O Conselho Superior reúne-se, ordinariamente, no início e no fim de cada semestre letivo e, extraordinariamente, quando convocado pelo Diretor-Geral ou a requerimento de dois terços de seus membros, competindo-lhe elaborar o Regimento da IES, submetendo-o à aprovação do Conselho Nacional de Educação, por intermédio da Diretoria Geral; aprovar os currículos plenos dos cursos e suas alterações, propostos pelo Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão, respeitadas as diretrizes estabelecidas pelo Conselho Nacional de Educação; elaborar e aprovar o seu regulamento; aprovar o plano anual de atividades da IES; autorizar a criação de cursos de graduação, seqüenciais e de pós-graduação lato e stricto sensu, os quais somente entrarão em funcionamento após a aprovação dos órgãos do sistema federal de educação, nos termos da legislação pertinente; decidir sobre os recursos interpostos contra as decisões dos demais órgãos colegiados em matéria didático-científica e disciplinar; sugerir medidas que visem ao aperfeiçoamento e desenvolvimento das atividades da UNESC, bem como opinar sobre assuntos pertinentes que lhe sejam submetidos pelo Diretor-Geral;   decidir sobre a concessão de dignidades acadêmicas por proposta do Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão; fixar normas para organização dos cursos e programas de atividades, respeitada a legislação vigente; exercer as demais atribuições previstas em Lei e no Regimento.